DNA dari “tricorder” pertama di dunia ada di saku Anda

Para ilmuwan di Cold Spring Harbor Laboratory (CSHL) mengembangkan penganalisis genom sel serial pertama di dunia, aplikasi iPhone baru yang disebut iGenomics. Dengan memasangkan iPhone dengan perangkat genggam DNA Sequencer memungkinkan pengguna untuk membuat laboratorium genetika seluler yang mengingatkan pada “tricorder” yang muncul di Star Trek. Aplikasi iGenomics diterapkan sepenuhnya pada perangkat iOS, yang mengurangi kebutuhan akan laptop atau perangkat besar di lokasi, yang berguna bagi pandemi dan pekerja lingkungan. Aspyn Palatnick memprogram iGenomics selama delapan tahun di lab Asisten Profesor Michael Schatz di CSHL, dimulai sebagai magang sekolah menengah selama 14 tahun.

Aplikasi iPhone dirancang untuk melengkapi perangkat pengurutan DNA kecil Oxford Nanopore. Palatnick, sekarang seorang insinyur perangkat lunak di Facebook, memiliki pengalaman membangun aplikasi iPhone ketika dia bergabung dengan Lab Schatz. Dia dan Schatz menyadari bahwa:

‘Karena urutannya semakin kecil dan kecil, tidak ada teknologi yang tersedia untuk memeriksa DNA Anda di perangkat seluler. Sebagian besar studi DNA: Kompilasi dan Analisis dilakukan pada kelompok besar server atau laptop mewah. “”

Aspyn Palatnick yang berusia 15 tahun mempelajari dasar-dasar analisis genom di laboratorium Michael Schatz di Cold Spring Harbor Laboratory pada tahun 2013. Kredit Gambar: CSHL

Schatz menyadari bahwa para ilmuwan yang mempelajari pandemi “terbang dalam koper penuh dengan pori-pori nano, laptop, dan server lain untuk melakukan analisis di daerah terpencil.” IGenomics membantu membuat studi genom lebih portabel, mudah diakses, dan terjangkau.

Pengguna dapat mengatur data AirDrop di atas satu sama lain, memungkinkan analisis DNA di tempat yang paling jauh – bahkan di tempat-tempat tanpa akses internet. iGenomics bisa segera jatuh ke tangan astronot, Schatz menjelaskan:

‘Ada banyak minat dalam pengurutan DNA di luar angkasa. Saya mencoba melihat apakah ada cara untuk menggunakan iGenomics di sana. Ada banyak orang yang tertarik dengannya. Ini adalah bukti nyata betapa tidak mungkinnya melakukan analisis pada komputer biasa. Tidak mungkin mengambilnya. “”

Di majalah Gigascience, Palatnick dan Schatz melaporkan bahwa algoritme iGenomics dapat dengan cepat memetakan urutan DNA dari patogen virus seperti virus flu atau virus Zika dan mengidentifikasi mutasi yang penting untuk diagnosis dan pengobatan. Mereka juga menyediakan panduan online tentang cara menganalisis genom virus lain, seperti: B. dari a TELINGA-CoV-2 sabar.

Schatz bermimpi bahwa perangkat ini akan membantu pekerja lapangan dan ilmuwan sipil:

“Saat ini kami semua memiliki kamera profesional di saku kami, jadi tidak sulit membayangkan beberapa tahun ke depan. Kita semua juga memiliki pengurut DNA sendiri di ponsel cerdas kita. Ada banyak cara untuk mengukur lingkungan kita dan mencari patogen, bahkan mungkin dengan pemeriksaan sendiri. “”

Referensi: 7 Desember 2020, Gigascience.
DOI: 10.1093 / gigascience / giaa138

READ  Tidak hanya dapat mengundang si kecil, di sini Anda akan menemukan tips tentang cara mengendarai sepeda yang aman dan nyaman untuk bayi dan balita - semua halaman

Tinggalkan Balasan

Alamat email Anda tidak akan dipublikasikan. Ruas yang wajib ditandai *